以往外勞入境須親自前往服務站按指紋，常造成部分服務站因外勞人數眾多而大排長龍，延誤外勞赴工作處報到時間，對此，內政部移民署改變作法，自4月1日起，將外勞按指紋流程提到一入境在國際機場辦理，原先須附2吋照片的規定，就直接在入境時由機場的攝影機截取外勞的影像，除非品質非常不佳，服務站才會要求繳交照片。
依據入出國及移民法第91條規定，外國人、大陸地區人民、香港及澳門居民及中華民國無戶籍國民，入境中華民國須完成擷取臉部與指紋特徵，出境須按捺指紋進行生物特徵查驗。
內政部移民署已在桃園機場第一、二航廈、松山機場、高雄機場、台中機場、花蓮機場、台東機場、馬公機場、台南機場、嘉義機場、基隆港、台北港、花蓮港、馬祖福澳港、白沙港、台中港、馬公港、高雄港、安平港、水頭港口等地建置「外來人口個人生物特徵辨識系統」。
該系統將錄存比對外勞照片及雙手食指指紋，藉以防止偽(變)護照者、冒用他人身分者及不法分子入出國境。
移民署表示，由於「外來人口個人生物特徵辨識系統」全面啟用，因此自4月1日起，外勞入境就在機場按壓食指指紋，不需去服務站按指紋，若是外勞食指有缺指或是指紋太薄，就改按其他指；另在機場、港口會擷取外勞的生物特徵照片，以提供外勞居留證使用，外勞在申辦居留時無須繳交照片，若是相片品質不佳，以致居留證無法製作，才會請申請人另外繳交符合規定的相片。
移民署指出，由於個人生物特徵具有獨特性、專業性，於國境線上利用生物特徵識別技術來確認旅客身分，一方面可迅速辨識身分，遏止列管人員或恐怖分子更換身分入出境，另一方面可藉由身分自動辨識，改進機場通關便利措施。
「外來人口個人生物特徵辨識系統」102年12月18日起，高雄機場開始試營運，103年12月1日起，除桃園機場以外機場、港口開始試營運，最後104年3月起桃園機場正式上線，實施該系統可輔助查驗官更有效率及更準確進行人別比對。
