未登記工廠輔導期即將於109年6月2日到期，已取得臨時工廠登記者，則須在此期限之前取得土地及建物合法使用證明文件。立委林岱樺12月18日立院經濟委員會質詢時提到，已經取得臨時登記的工廠，環保、消防都已經投資下去，也經核准聘僱外勞，輔導期過後若無法取得合法用地，這些廠商何去何從？要求經濟部盡速提出具體措施。
林岱樺表示，民間估計農地工廠高達10至14萬家，已取得臨時登記者卻僅有7,088家，家數相當少，然而目前政府對違章工廠的處理，只看到去年520後新增者拆除，卻看不到後續輔導措施。廠商因此擔心，兩年半後輔導期將至，面對工業區土地價格飆漲，投入在環保、消防的成本，以及取得的外勞核配，恐將付之闕如。
經濟部次長龔明鑫回應，已經注意到這個問題，違章工廠同時涉及農委會、內政部業務，行政院將展開跨部會協商，希望在最短時間內提出方案。
龔明鑫說明，目前採分級處理方式，符合環保及安全法規才會允許辦理臨時登記，有不合格則會拆除，後續稽查將由地方政府依固定時程查訪，未來將利用無人機等科技工具，隨時監控、檢視。
